Церковь в Добродеевке впервые упомянута в 1781 году, когда в селе был всего 21 двор и принадлежало оно Петру Александровичу Румянцеву-Задунайскому. Находилась она у существующего до сих пор кладбища, по улице Луговой, и называлась Рождества Пресвятой Богородицы.
В 1821 году Рождественская церковь сгорела, и ее быстро восстановили в 1822 году. Но после страшного пожара в 1848 года церковь перенесли на другое место, где она находится и поныне. При этом она стала называться церковь Святых Первоверховных Апостолов Петра и Павла. Начала она действовать в 1849 году, но окончательно была отделана в 1851 году.
Священники в церкви часто менялись. С 1893 года в храме служил иерей Михаил Лапчинский. Наиболее яркий след оставил Михаил Михайлович Бекаревич. Родился он 8 ноября 1865 года в селе Симоновка Черниговского уезда Могилевской губернии, в семье священника. По окончании 5 классов Могилевской духовной семинарии определен псаломщиком в Дубровскую Троицкую церковь городского уезда Могилевской губернии, где безвозмездно преподавал Закон Божий в церковно-приходской школе. 26 января 1892 года Бекаревич М.М. женился. Жена Прасковья Григорьевна родилась 14 мая 1871 года. 23 октября 1893 года рукоположен в диаконы, а 9 декабря 1895 года по прошению переведен в Николаевскую церковь села Шклов Могилевской губернии.
26 апреля 1898 года Бекаревич М.М. рукоположен в сан священника и был направлен в Петро-Павловскую церковь села Добродеевка и со 2 июня того же года стал преподавать Закон Божий в местной земской школе.
Имел следующие награды: набедреник, камилавку, серебряную медаль в память царствования Императора Александра третьего, серебряную медаль "25-летия церковно-приходской школы" и бронзовую медаль "300-летие Царствования Дома Романовых".
В 1922 году часть ценностей Добродеевской церкви была изъята в пользу голодающих Поволжья.
В 1928 году Бекаревич М.М. был лишен избирательных прав, а его имущество: дом, надворные постройки, 3 коровы, 2 лошади, 25 га. пахотной земли и 10 га. сенокоса - конфисковано.
В 1931 году Бекаревича осудили на 2 года лишения свободы, после чего богослужение в церкви прекратилось. Официально её закрыли в 1933 году. тогда же разрушили ее колокольню, купола, а кресты сняли.
22 октября 1937 года Бекаревич М.М. был арестован, и ему предъявили обвинение в том, что он "враждебно настроен к Советской власти", вел активную борьбу против мероприятий, проводимых властью, возглавлял антисоветскую группировку в Добродеевке", "ведет тайную агитацию среди церковников об открытии церкви" и "по-своему толкует избирательный закон".
7 декабря 1937 года Бекаревич М.М. был расстрелян в г. Клинцы. В тот же год в бывшей церкви открыли клуб.
Храм начал действовать в конце 1941 года во время оккупации Добродеевки немцами. Служба в ней прекратилась в конце сентября 1943 года. Вновь открылась церковь летом 1945 года. С середины 50-х годов в Добродеевке начались чуть ли не ежедневные кражи икон, как из самой церкви, так и из домов жителей села. Были похищены сотни ценных икон. В это же время храм был снова закрыт.
В середине 80-х храм начал действовать. В свою очередь приход возглавляли иерей Леонид (фамилия не известна), иерей Игорь Ремезок. С 1998 года по июнь 2014 настоятелем храма был иерей Александр Буденный.
С 30 марта 2015 года, Митрополитом Брянским и Севским Александром (Агриковым), в то время временно управлявшим Клинцовской и Трубчевской епархией, настоятелем Храма во имя Первоверховных Апостолов Петра и Павла с. Добродеевка Злынковского района Брянской области был назначен иеромонах Мелитон (Приемко), несущий данное послушание и по настоящее время.
Иеромонах Мелитон, за усердное служение Русской Православной Церкви был удостоен права ношения набедренника (2014 год) и наперстного креста золотого цвета (2016 год).
В период за 2017-2018 года были изготовлены и установлены новый резной деревянный трёхъярусный иконостас и резной аналой. В 2018-2019 годах в Храме был произведён капитальный ремонт потолков, стен и полов. В это же время были написаны иконы для установленного иконостаса, приобретена книга «Апостол» в кожаном переплёте.
В 2021 году для Храма в Воронеже был отлит и доставлен набор колоколов. С 2015 по 2024 годы были написаны храмовые иконы: Казанская Божия Матерь в деревянном резном киоте и золоченой ризой, Свт. Николай чуд. с позолоченным окладом в резном киоте, Почаевская Божия Матерь в позолоченном киоте, Царские страстотерпцы, Нерукотворный Образ Спасителя, Вмч. целитель Пантелеимон, две иконы Архистратига Михаила и Архангела Гавриила размером 1850*900.
В 2020 году в день памяти подвига 40 мучеников Севастийских епископ Клинцовский и Трубчевский Владимир возглавил первое за всю историю прихода архиерейское богослужение в Храме. Владыкой были освящены новый иконостас и иконы в нем.
В 2023 году в праздник Пятидесятницы (День Святой Троицы) за усердные труды во славу Святой Церкви и благотворительность прихожане Храма во имя Первоверховных Апостолов Петра и Павла с. Добродеевка Злынковского района Брянской области были отмечены наградами: епархиальной медалью Клинцовской епархии Священномученика Дамаскина Стародубского I степени – Черняков Олег Владимирович и Романченко Елена Николаевна, архиерейской благословенной грамотой – Кузовкова Вера Марковна, Соловьёва Анна Васильевна, Веселова Людмила Ивановна.
В воскресный весенний день 2024 года школьники старших классов поселка Вышков и села Добродеевка Злынковского района после совершения молебна приняли активное участие в озеленении и облагораживании прихрамовой территории, каждый из ребят внес посильный труд в посадке деревьев.
В планах прихода Храма - ремонт отопления и капитальный ремонт крыши с возведением купола и колокольни.
На сегодняшний день храм является духовным центром села Добродеевка и близлежащих селений. Он, подобно свече, горящей в сумраке, светом своим призывает людей ко спасению. Отец Мелитон и его помощники стараются принимать активное участие в жизни села, проводить духовно-нравственные беседы со школьниками и воспитанниками местного детского сада, организовывают сбор и передача гуманитарной помощи солдатам СВО, а также духовно окормляют пациентов Областной туберкулезной больницы.