Администрация ФКУ СИЗО-2, понимая значимость и необходимость духовного окормления сотрудников и заключенных, в 1994 году в корпусе № 2 выделила отдельное помещение. По благословению Высокопреосвященнейшего Мелхиседека, Архиепископа Брянского и Севского, была открыта молельная комната, которую благочинный Новозыбковского округа, настоятель храма в честь Чуда Архистратига Михаила в Хонех города Новозыбкова митрофорный протоиерей Владимир Похожай освятил (малым чином) в честь Почаевской иконы Божией Матери.
Со временем, Молитвенная комната была благоустроена в традициях Русской Православной Церкви: устроен Престол (мастер из поселка Климово - Иван Леонидович Кабанов), приобретены подсвечники, иконы, устроен стеллаж для духовной литературы и другие предметами религиозного назначения. Необходимо отметить, что на обновление церковного инвентаря и благоустройство молитвенной комнаты в 2016 году Клинцовская епархия, по благословению Преосвященнейшего Владимира, Епископа Клинцовского и Трубчевского, пожертвовала семисвечник, подсвечники и другие необходимые предметы богослужебного назначения, а также и духовного содержания литературу в довольно большом объеме, которая была роздана в камеры учреждения заключенным. Среди предметов стоит отметить иконы в киотах: на восточной стене икона во весь рост: «Господь Иисус Христос», по бокам от неё иконы: Богоматерь «Почаевская» и Святой Равноапостольный князь Владимир. На западной стене, над входом в комнату икона «Тайная вечеря». Усердием заключенных, имевших художественное образование, в комнате была выполнена художественная роспись потолка с изображением херувимов. Расписаны были и стены. На южной стене, в которой имеется окно с металлическими решетками, откуда открывается панорама с видом на златоглавые купола и кресты Чудо-Михайловского храма, в овальной нише, была написана икона Святой Великомученицы Анастасии Узорешительницы, Небесной покровительницы всех заключенных. На северной стене была выполнена настенная роспись «Нагорная проповедь», напоминающая посетителям комнаты о Новозаветных Евангельских заповедях блаженств.
Сотрудников и заключенных учреждения на протяжении более 30 лет духовно окормляет настоятель храма в честь Чуда Архистратига Михаила в Хонех города Новозыбкова протоиерей Владимир Похожай. В этом богоугодном деле, с 2010 года ему впоследствии стал помогать и настоятель храма Покрова Пресвятой Богородицы села Сачковичи Климовского района священник Илия Вакарюк. Указом управляющего Клинцовской епархией Высокопреосвященнейшего Александра, Митрополита Брянского и Севского, от 9 июня 2015 года в дополнение к несомым послушаниям протоиерей Илия Вакарюк назначен окормляющим священником при Молитвенной комнате в честь Почаевской иконы Божией Матери СИЗО № 2 города Новозыбкова. (Указ № 113). Указом управляющего Клинцовской епархией Преосвященнейшего Владимира Епископа Клинцовского и Трубчевского, от 8 декабря 2016 года в дополнение к несомым послушаниям протоиерей Илия Вакарюк назначен помощником благочинного Новозыбковского округа по тюремному служению (Указ № 347).
На сегодняшний день в Молитвенной комнате регулярно совершаются Богослужения, все желающие, из числа сотрудников СИЗО-2 города Новозыбкова, имеют возможность приступить к Таинствам Исповеди и Святого Причащения. В храме имеется духовная библиотека, а также проводятся Огласительные беседы. Несколько раз были совершены Таинства Венчания и Святого Крещения.
Беспрепятственно такая же возможность предоставляется и тем, кто содержится в учреждении.
С 2024 года, совместно с протоиереем Илией Вакарюком, послушание по духовному окормлению СИЗО-2 г.Новозыбкова несет и настоятель храма в честь Рождества Христова с.Верещаки Новозыбковского городского округа протоиерей Виталий Рубанович.
Также на территории СИЗО-2 города Новозыбкова устроен Храм-часовня в честь святого Великого князя Александра Невского.